Docking@home

Docking@Home, un nouveau projet signalé par Shann (merci à lui) ce matin : http://forum.boinc.fr/boinc/Lesprojetsdistribues/Docking-home-sujet-351-1.htm#t6572

Projet commençant tout juste et en alpha.
site du projet : http://docking.utep.edu/

Malheureusement, les créations de comptes ont été fermés aussi vite qu'elles ont été ouvertes
il y a quelques 77 participants, dont une poignée de l'AF je crois.

Domaine médical, toujours autour des protéines, projets d'universités étatsuniennes.

Description traduite par Bolchoi (grâce lui soit rendu )

Citation :

Description du projet

DAPLDS ou Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System (dynamique adaptative d'amarrage d'un système Protéine-Ligand ) est un projet en collaboration entre l'université du Texas d'El Paso, l'institut de recherche de recherche Scripps (TSRI), et l'université de Californie - Berkeley. Le projet DAPLDS permet, par la mise en exécution et l'utilisation de l'outil internet, une modélisation adaptative multi-échelle dans un environnement de Chromatographie en phase gazeuse (GC), il promouvra la connaissance des détails atomiques des interactions protéine-ligand et, de ce fait, accélerera la découverte d'innovations pharmaceutiques. Les buts du projet sont :

1. D'explorer la nature multi-échelle des algorithmiques adaptés à l'amarrage protéine-ligand

2. De développer des infrastructures internet basées sur des méthodes et des modèles informatiques qui s'adapteront efficacement à ces adaptations.

Pour en Apprendre plus (en anglais) au sujet du contenu scientifique et informatique du projet Docking@Home.

Le TSRI, ou The Scripps Research Institute, est plus connu des "boinceurs" pour son projet Predictor@Home.
La responsable du projet Docking@h, Michela Taufer ( profil : http://docking.utep.edu/view_profile.php?userid=10) vient du TSRI (situé à La Jolla, Californie)


plus d'infos sur le site de l'AF, toujours par Heyoka/Bolchoi (que sa route soit parsemée de pétales de roses, pour son immense contribution ) :

http://www.boinc-af.org/index.php?option=com_content&task=view&id=245&Itemid=219

Ce n'est pas [encore] complétement fermé, ils ont besoin de Macintosh (Intel). Il faut leur faire la demande par mail :

Citation :

September 13, 2006 19:40:00
We'll close invited account creation soon for windows and linux machines. Intel Macs are still welcome as we don't have enough of them yet. Please write an email to dockingadmin@utep.edu if you have an Intel Mac and want to participate in the tests.

Avis aux amateurs ...

Hum peut de personne on ça dans EDLS je croit.

pas93 a écrit:

Hum peut de personne on ça dans EDLS je croit.

surtout en Intel

Bon sinon, docking est encore bien buggé ! je ne crois pas être encore arrivé à renvoyer une wu correcte et je ne suis pas le seul.

Mais un trés bon point cependant, les admins du projets sont trés attentifs et trés réactifs à nos remarques et demandes ...

C'est déja ça

L'AF est première
et je suis 2ème avec .... 11,80 points (et encore les points viennent de wus en erreur... )
le premier fait trés fort avec 13,44, mais j'ai bon espoir
Plus sérieusement, c'est encore le bazar dans les stats ...

Ce qui veut dire que EDLS est dans le haut du classement

pas93 a écrit:

Ce qui veut dire que EDLS est dans le haut du classement

Surement. à égalité avec Est et Alpes
Faut attendre que jmb prenne ce projet en compte. Mais les fichiers xml de stats ne sont pas encore mis à jour (ils sont actuellement vides)

Oui

Docking@Home ouvre les inscriptions pour 50 comptes par le biais du code d'invitation
Ce code est : D@CKING

http://docking.utep.edu/create_account_form.php?teamid=10

Dépéchez vous !

Citation :

Hi!

SInce we think it is a good idea too, here is the invitation code for Docking@Home:

D@CKING

Please make sure that the people you send this too understand that we are in alpha test and errors can and will occur.

When we've reached a 170 users (currently about 120) we'll change the code again.

Also, it would be good to have a good mix of linux, mac and windows so maybe especially ask people that you know are not only running Windows.

Thanks,
The Docking@Home Team

Merci jump...

Ca y est, je me suis ouvert un compte, et mes premieres WU sont en cours!

... de rien

Je dois préciser que ce projet débute à peine (statut Alpha) et il y a encore plein de soucis. Mais les plus gros ont déjà été dégrossis, l'équipe du projet étant bien présente et attentive sur leur message board.

J'ai moi aussi lancer mes 1ère wus sur mon Ordi portable qui fait 50/50 avec Simap.

Inscrit également :)
ça tourne sur un X2, j'attends la suite

Voilà, j'ai fini mes 2 premières WU en environ 3h sur un P4 3.2 Ghz HT. Aucun souci pour l'instant...

Si ce n'est qu'avec un quorum de 3 et une replication de 3, les unites vont sans doute rester en pending un moment, vu le peu de monde sur le projet!

Mais si on se mobilise un peu, l'AF peut prendre un très bon départ! J'attends encore un peu pour vérifier la stabilité du projet puis je l'installerais sur plusieurs machines (enfin, celles où SAP ne tourne pas!)

Oui pour essayé de bien placer L'AF je m'y suis aussi mis d'ailleur j'ai 3 unités en commun avec Popolito et Pithèque mdr

Les Wus durent combien de temps ?? ( msg de test)

Ben Mephisto a essayé et elle ont duré 3 h

Un peu plus de 5 heures pour moi P4C 2.8 ghz et 512 mo de DDR

Pas, pithèque, doucement quand même, j'ai une vieille lessiveuse quand même !!! N'allez pas la brusquer hein !!

Je ne l'ai mis que sur mon sempron 3000+

Mephisto94 a écrit:

Si ce n'est qu'avec un quorum de 3 et une replication de 3, les unites vont sans doute rester en pending un moment, vu le peu de monde sur le projet!

C'est justement pour ça qu'ils viennent d'ouvrir les inscriptions à la demande des cruncher sur leur forum ! les 120 participants initiaux ne suffisaient pas (surtout si on compte les actifs)
http://docking.utep.edu/forum_thread.php?id=64&nowrap=true#725
(Andre Kerstens est un admin/modo/...)
Ne mettez pas trop de windows, ils recherchent surtout des linux et des macs.
Pour Linux, il y a une bidouille à faire (simple, j'y suis arrivé ) sinon les wu plantent